Die Abteilung DDR verwaltet die zivile Überlieferung des zentralen Staatsapparates der DDR und seiner Vorläuferbehörden in der Sowjetischen Besatzungszone (SBZ).
Zu den insgesamt 42.000 laufenden Metern (lfm) gehören die Unterlagen der

Parlamente und obersten Organe der StaatsführungMinisterien und nachgeordneten Einrichtungen (Ressorts für Inneres und Justiz, Kirchen, Finanzen, Post, Bildung, Kultur, Arbeit, Sozial- und Gesundheitswesen, Jugend, Statistik, Wissenschaft, Bauwesen, Verkehr, Landwirtschft, Handel, Planung und Leitung der Wirtschaft).

Ergänzt werden diese Bestände durch einige Nachlässe sowie eine Sammlung von Karten und Luftbildern.

Das Archivgut des Ministeriums für Nationale Verteidigung und der Grenztruppen der DDR wird in der Abteilung Militärarchiv des Bundesarchivs in Freiburg verwahrt und zugänglich gemacht.
Über Spiel-, Trick-, Dokumentarfilme und Wochenschauen der DDR-Zeit sowie eine Spezialbibliothek verfügt die Abteilung Filmarchiv des Bundesarchivs in Berlin.
Die aus zahlreichen aufgelösten Rechenzentren ins Bundesarchiv gelangten digitalen Unterlagen (maschinenlesbare Daten) aus DDR-Behörden sowie Plakate, Bild- und Tondokumente sichert und verwaltet derzeit die Abteilung B des Bundesarchivs in Koblenz.

Das Archivgut des Ministeriums für Auswärtige Angelegenheiten und der diplomatischen und konsularischen Vertretungen im Ausland befindet sich noch im Politischen Archiv des Auswärtigen Amtes.
Die Auswertung der Überlieferung des ehemaligen Ministeriums für Staatssicherheit (MfS) unterliegt dem Stasi-Unterlagengesetz. Die Akten befinden sich noch in der Obhut der "Bundesbeauftragten für die Unterlagen des Staatssicherheitsdienstes der ehemaligen DDR" (BStU). Die vom MfS in seinem NS-Archiv gesammelten Unterlagen verwaltet derzeit die Abteilung Reich des Bundesarchivs.

Auf Grund der engen Verflechtung von Parteien (v.a. SED) und Staat in der DDR sind die Bestände der Abteilung von denen der 1993 gebildeten "Stiftung Archiv der Parteien und Massenorganisationen der DDR im Bundesarchiv" (SAPMO) inhaltlich nicht zu trennen.
Für ausgewogene Recherchen wird darüber hinaus v.a. auch die Nutzung der Landesarchive empfohlen.