Mit dem Zusammenbruch der Deutschen Demokratischen Republik 1989 wandelte sich auch deren Parteienlandschaft. Massenorganisationen lösten sich auf oder definierten sich neu. Wichtige Archive und Bibliotheken der DDR verloren ihre Trägerinstitutionen und damit ihre Existenzgrundlage. Bereits Anfang 1990 setzten deshalb Diskussionen über den Fortbestand und die dauerhafte Sicherung der Archive und Bibliotheken der Parteien und Massenorganisationen der DDR ein. Vorstöße, eine gesetzliche Grundlage für die Sicherung der Unterlagen der Parteien und Massenorganisationen zu schaffen, scheiterten im Ministerrat. Von Volkskammerfraktionen angeregte Initiativen fanden im Parlament keine Mehrheit. Ab dem 1. Juni 1990 unterlagen die Archiv- und Bibliotheksbestände der Parteien und Massenorganisationen der Kontrolle und treuhänderischen Verwaltung durch eine vom Ministerpräsidenten eingesetzte Unabhängige Kommission.

Bei den Verhandlungen über den Einigungsvertrag gelang nicht, in das Einigungsvertragsgesetz vom 23. September 1990 auch eine Regelung für das Archivgut der Parteien und Massenorganisationen aufzunehmen. Eine gesetzliche Grundlage zur Sicherung durch staatliche Archive fehlte. Das Einigungsvertragsgesetz stellte nur die Unterlagen, die bei staatlichen Stellen der DDR entstanden waren, unter den Schutz des Bundesarchivgesetzes. Rege politische Diskussionen über Lösungsmöglichkeiten folgten. Von den Fraktionen der CDU/CSU und der F.D.P. wurde am 20. März 1991 ein Gesetzentwurf zur Änderung des Bundesarchivgesetzes (Bundestags-Drucksache 12/288) eingebracht.

Unterlagen der Sozialistischen Einheitspartei Deutschlands sowie der übrigen Parteien und Massenorganisationen der DDR sollten dann als Archivgut des Bundes behandelt und im Bundesarchiv verwaltet werden, wenn sie die Wahrnehmung staatlicher Aufgaben betreffen. Gestritten wurde insbesondere um das Schicksal der Akten aus dem Zentralen Parteiarchiv der SED. Die Unterlagen der Staatspartei SED trugen einerseits staatlichen Charakter andererseits handelte es sich aber auch um Parteienschriftgut. Beides war nicht zu trennen, ohne den historischen Entstehungszusammenhang zu verletzen. Jeder einzelne Vorgang (jede einzelne Akte) hätte überprüft und – auseinandergenommen werden müssen.

Zu einer überraschenden Einigung kam es am Rande einer Anhörung des Innenausschusses des Deutschen Bundestages am 28. August 1991. Der innenpolitische Sprecher der SPD-Fraktion, Wartenberg, schlug vor, eine unselbständige Stiftung im Bundesarchiv zu errichten. Noch in derselben Sitzung wurde dieser Vorschlag von dem innenpolitischen Sprecher der CDU/CSU-Fraktion, Gerster, aufgegriffen. Die Bundestagsfraktionen der CDU/CSU, der F.D.P. und der SPD stimmten schließlich einem Gesetzentwurf zur Änderung des Bundesarchivgesetzes zu. Am 13. März 1992 trat dies Kraft und erweiterte die Zuständigkeit des Bundesarchivs auf Archivbestände der Parteien und Massenorganisationen der DDR, soweit sie die Wahrnehmung staatlicher Aufgaben betreffen. Bibliotheksbestände und andere Materialien waren darin eingeschlossen. Eine Enteignung ohne Entschädigung erschien verfassungsrechtlich bedenklich, eine Enteignung gegen Entschädigung politisch nicht vertretbar. Deshalb stellt das Gesetz die Eigentumsverhältnisse klar, ohne sie zu ändern. Auf diese Weise fiel ein qualitativ und quantitativ letztlich nicht genau zu bestimmender Teil unter den Schutz des Bundesarchivgesetzes und damit in die Obhut des Bundesarchivs.

Der Gedanke, das Archivgut nach rechtlichen Gesichtspunkten entgegen dem Grundsatz der Provenienz aufzuteilen, wurde verworfen. Der Gesetzgeber bestimmte in einem neu eingefügten Paragraphen 2 a die Einrichtung einer unselbständigen Stiftung des öffentlichen Rechtes. Ihr wurde die Aufgabe übertragen, die strittigen Unterlagen, Materialien und Bibliotheksbestände zur deutschen Geschichte, insbesondere zur Geschichte der deutschen und internationalen Arbeiterbewegung vollständig zu übernehmen, auf Dauer zu sichern, nutzbar zu machen und zu ergänzen. Aufgegeben wurde der Stiftung, dann, wenn es sich nicht um staatliche Unterlagen handelt, mit den Eigentümern gesonderte Vereinbarungen zu schließen.
Über die "Einbringungsverträge" wurde nach Inkrafttreten der Änderung zum Bundesarchivgesetz monatelang verhandelt, schließlich mit Erfolg. Als die Stiftung am  4. Januar 1993 ihre Arbeit aufnahm waren bereits 18 Verträge unterschrieben, mitgerechnet die bereits vom Zentralen Staatsarchiv und dem Bundesarchiv geschlossenen Verträge. Die Bestände des Zentralen Parteiarchivs der SED, die Bibliothek des Instituts für Marxismus-Leninismus sowie die Bibliothek und das Archiv der Gewerkschaftsbewegung, Berlin (FDGB) konnten weiterhin - vierzehn Tage nach Stiftungsgründung - ohne Einschränkungen von jedermann benutzt werden, so wie im Errichtungserlass der Stiftung festgeschrieben.