Am 12. September 1990 wurde der „Zwei-plus-Vier-Vertrag“ unterzeichnet. Die ehemaligen Alliierten USA, Großbritannien, Frankreich und die Sowjetunion verzichteten auf ihre bisherigen Rechte an und in Deutschland. Dafür erkannten die beiden deutschen Staaten die Unverletzlichkeit der Nachkriegsgrenzen an. Gleichzeitig verpflichteten sie sich zu einer Reduzierung ihrer Streitkräfte sowie zu einem dauerhaften Verzicht auf atomare, biologische und chemische Waffen. Die in der DDR stationierten sowjetischen Truppen sollten bis 1994 abgezogen werden. Die Verhandlungen waren schwierig, die größte in Friedenszeiten jemals durchgeführte Truppenbewegung war zu bewältigen.
Ein Telefongespräch zwischen Bundeskanzler Helmut Kohl und dem Staatspräsidenten der Sowjetunion Michail Gorbatschow am 7. September 1990 brachte kein Ergebnis. Die gesamten „Zwei-plus-Vier-Verhandlungen“ drohten an dieser Frage zu scheitern. Die Bundesrepublik bot der Sowjetunion schließlich elf bis zwölf Milliarden D-Mark an, doch Gorbatschow forderte 15 bis 16 Milliarden. Kohl und Gorbatschow gelang ein Kompromiss: Es blieb bei zwölf Milliarden D-Mark, aber die Sowjetunion erhielt einen zinslosen Kredit von drei Milliarden.
Währenddessen berieten in der DDR und der Bundesrepublik die Parlamente über den Fortgang des Einigungsprozesses. Das Gesetz zum Einigungsvertrag musste mit einer Zwei-Drittel-Mehrheit angenommen werden. Bei der Abstimmung am 20. September 1990 in der Volkskammer und im Bundestag wurden deutlich mehr Ja-Stimmen als erforderlich gezählt. Abgeordnete der PDS und der Grünen lehnten den Vertrag mit dem Verweis auf eine fehlende Mitwirkung der Bevölkerung ab. Der Bundesrat stimmte einen Tag später einstimmig zu.
Gleichzeitig ging der Streit um den Umgang mit den Unterlagen der Staatssicherheit weiter. Am 4. September 1990 besetzten etwa zwanzig Bürgerrechtlerinnen und -rechtler die ehemalige Stasi-Zentrale in der Normannenstraße. Sie wollten verhindern, dass die Akten vernichtet werden oder im Falle einer Übergabe an das Bundesarchiv unter die gesetzlich vorgeschriebene Sperrfrist fallen. Stattdessen forderten sie eine freie Akteneinsicht für Stasi-Opfer und verlangten, dass der Umgang mit den MfS-Unterlagen im deutsch-deutschen Einigungsvertrag berücksichtigt wird. Unter den Besetzerinnen und Besetzern waren prominente Bürgerrechtlerinnen und -rechtler wie Bärbel Bohley, Reinhard Schult und Ingrid Köppe. Auch der Musiker Wolf Biermann schloss sich ihnen an. Schnell wurden die Medien auf die Aktion aufmerksam. DDR-Bürgerinnen und -Bürger bildeten vor dem MfS-Gebäude eine Mahnwache. Auch in anderen Städten schlossen sich Menschen zu Mahnwachen zusammen.
Die Bundesregierung lenkte ein: Die Akten sollten nach der Wiedervereinigung von einer eigenen Bundesbehörde verwaltet werden, und der Deutsche Bundestag sollte über den Umgang mit ihnen entscheiden. Am 18. September 1990 stimmte die Volkskammer einem entsprechenden Zusatz zum Einigungsvertrag zu. Zum ersten Leiter der Stasi-Unterlagen-Behörde wurde am 29. September 1990 Joachim Gauck gewählt.
