Die Bundeswehr baute nie eine militärische Führungsstruktur in der Art eines gesamtverantwortlichen Generalstabs auf. Die Aufnahme Deutschlands in die NATO erfolgte unter der Voraussetzung, dass die Land-, Luft- und Seestreitkräfte der Bundeswehr bereits zu Friedenszeiten fest in die militärische Organisation der NATO eingebunden wurden.
Die Divisionen des Heeres der Bundeswehr bildeten zusammen mit Verbänden verbündeter NATO-Staaten eine von Nord nach Süd eng geschlossene „Schichttorte“ der Vorneverteidigung. Damit sollten konventionelle Streitkräfte einem Angriff der Sowjetunion auf NATO-Bündnisgebiet soweit östlich wie möglich begegnen. Zusammen bildeten die Verbände die beiden NATO-Armeegruppen „Central Army Group“ (CENTAG) und „Northern Army Group“ (NORTHAG). Diese wiederum wurden unterhalb des Oberbefehlshabers der alliierten Truppen in Europa (Supreme Allied Commander Europe – SACEUR) durch die beiden Regionalkommandos „Allied Forces Central Europe“ und „Allied Forces Northern Europe“ (AFCENT und AFNORTH) geführt.
Die fliegenden und bodengestützten Verbände der deutschen Luftwaffe waren zusammen mit den Luftstreitkräften der Alliierten in das engmaschige Luftverteidigungssystem der NATO integriert. Den Schutz des Luftraums über der Bundesrepublik gewährleisteten bereits im Frieden die integrierten Kräfte der 2. und 4. taktischen Luftflotten der NATO (Allied Tactical Air Force – ATAF).
Die Bundesmarine sicherte unter der Führung des NATO-Kommandos BALTAP (Baltic Approaches) mit ihren Schiffen und den Marinefliegern die deutschen Küsten sowie den Zugang zu Nord- und Ostsee. Zudem beteiligte sie sich regelmäßig an den multinationalen maritimen Präsenzverbänden im Ärmelkanal (Standing Naval Forces Channel – STANAVFORCHAN) sowie im Atlantik und der Nordsee (Standing Naval Forces Atlantic – STANAVFORLANT).
