1989/90 wurde kontrovers über die Frage diskutiert, ob die Akten des Ministeriums für Staatssicherheit der DDR vernichtet oder offen gelegt werden sollten. Inzwischen ist der offene Umgang mit den Akten derart selbstverständlich geworden, dass darüber die Einmaligkeit dieser Unterlagen oft vergessen wird: Zum ersten Mal ist es möglich, eine moderne Geheimpolizei mit ihren Strukturen, Funktionsmechanismen, Denk- und Arbeitsweisen sowie ihrer Wirkungsgeschichte auf breiter Quellenbasis detailliert zu erforschen.
Im Zentrum der Arbeit der Forschung im Stasi-Unterlagen-Archiv stehen Erkundungen zur Rekonstruktion des MfS-Apparats sowie die Edition zentraler Dokumente, die von Bedeutung für die allgemeine DDR-Forschung sind. Der Forschungsbereich hat seit seinem Bestehen 1992 eine Vielzahl an Studien und Quelleneditionen erarbeitet und sowohl in eigenen als auch in externen Publikationen veröffentlicht. Er übt damit auch eine wichtige Dienstleistungsfunktion für die Zeitgeschichtsforschung aus.