Das GKR ist aus dem ehemaligen Nationalen Krebsregister der DDR hervorgegangen. Es war nach 1989 zunächst dem Institut für Krebsforschung an der Akademie der Wissenschaften Berlin/Brandenburg zugeordnet und wurde ab 1994 auf Grundlage eines Verwaltungsabkommens bzw. Staatsvertrages zwischen den beteiligten Ländern bis zum 31. Dezember 2022 als nichtrechtsfähige Anstalt des öffentlichen Rechts des Landes Berlin weitergeführt.

Die DDR hatte mit der Einrichtung des Nationalen Krebsregisters ab 1954 eine internationale Vorreiterrolle eingenommen. Die standardisierten Meldebögen geben Auskunft zum Auftreten, zur Art der Krebserkrankung, zur Behandlung und zum Sterbedatum für rund 2 Millionen Krebspatientinnen und -patienten aus den Jahren 1954 bis 1989.

Die Datenerfassung geschah zunächst mittels eines Lochkartensystems, ab dem Jahr 1961 wurden die epidemiologischen Daten zudem elektronisch verarbeitet. Ergänzende Informationen wurden weiterhin analog geführt, sodass eine sogenannte hybride Überlieferung entstand. Das Bundesarchiv übernimmt den Gesamtbestand, der aus Karteien und Papierbögen sowie einer Datenbank mit Begleitdokumentation besteht. Die epidemiologische Datenbank enthält sämtliche Daten, die seit den 60er Jahren erfasst sowie Informationen über Erkrankungsfälle, die nach 1989 aus den beteiligten Ländern gemeldet wurden. Sie umfasst daher inzwischen Datensätze zu rund 5 Millionen Krebserkrankungen zwischen 1961 und 2022.

Damit ist diese Datensammlung nicht nur als Beitrag zur deutsch-deutschen Geschichte von unschätzbarem Wert. Sie bildet mit dieser flächendeckenden Registrierung eine einzigartige Grundlage für die Forschung zur medizinischen Versorgung im Gesundheitswesen der DDR und der onkologischen Versorgung der Bevölkerung in Ostdeutschland. Auch für die krebsepidemiologische Forschung in ganz Deutschland handelt es sich um einen unersetzbaren und aussagekräftigen Datenfundus.